Nach der Emeritierung von Alexander Henz 1998 stand das Wohnforum interimistisch unter der Schirmherrschaft von Prof. Paul Meyer-Meyerling, bis der neugewählte, für seine Wohnbauten bekannte Professor für Architektur und Entwurf Dietmar Eberle anfangs 2000 die Verantwortung für das Wohnforum übernahm. Voraussetzung war für ihn die Aushandlung zusätzlicher personeller und finanzieller Ressourcen mit der Schulleitung. Auf dieser neuen Basis konnte sich im Lauf der Folgejahre ein grösseres multidisziplinäres Team von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern der Fachrichtungen Soziologie, Geografie, Ethnologie, Kulturwissenschaften, Kunstgeschichte und Architektur entwickeln.
Die Forschungsprojekte der ersten Dekade des Wohnforums führten die inhaltlichen Themen und Fragestellungen der 1980er Jahre der Professur Henz weiter. Sie blieben auch in den Folgejahren für die Forschungs- und Entwicklungsarbeit am ETH Wohnforum relevant. Die Erst- und Zweitevaluation (1993 respektive 2000) der in der zweiten Hälfte der 1980er Jahre entstandenen innovativen Wohnsiedlung Davidsboden in Basel bildete den Anfang mehrerer vertiefter Evaluationen von ab der Jahrtausendwende vor allem im genossenschaftlichen Bereich entstandenen vielfältigen Innovationen im Wohnbereich (u.a. KraftWerk1, Regina-Kägi-Hof, Zürich; Siedlung Schachenfeld, Widen; Avantage – Wohnen im Wettsteinpark, Basel). Die von der ETH Forschungskommission finanzierte, grosse qualitative Studie zur Wohnsituation von Frauen in der Deutschschweiz (1992-1996) ergründete die Wohnbedürfnisse und Wohnweisen von Frauen in einer damals fast ausnahmslos von Männern gebauten, verwalteten und finanzierten Wohnumwelt. Der Fokus auf Wohnsituationen von grossen spezifischen Zielgruppen wurde mit dem Projekt Neue Wohnmodelle für die zweite Lebenshälfte (2005–2007) wieder aufgenommen und entwickelte sich zu einem Forschungsschwerpunkt (Wohnen – Alter – Umwelt), mit einer Vielzahl von Projekten bis hin in die Gegenwart. Die zwischen 1996-1998 gemeinsam mit der Stadt durchgeführte Studie «Nachhaltige Stadtentwicklung – ein Evaluations- und Handlungsforschungsprojekt in der Stadt Zürich» hatte zum Ziel, einen umfassenden Nachhaltigkeits-Evaluationsraster zu entwickeln und im Rahmen von Fallstudien in unterschiedlichen städtischen Planungs- und Entwicklungsbereichen anzuwenden. Dieser erweiterte Fokus auf Wohnen und Quartierentwicklung im Kontext einer nachhaltigen Stadtplanung kennzeichnete auch das zweiphasige internationale Forschungs- und Entwicklungsprojekt AGS Future Cities: Toward Sustainable Cities (1997-1999) und AGS Future Cities – Guanghzou (2000-2004). Die Projekte fokussierten interdisziplinäre, praxisrelevante Ansätze in der Kooperation eines Teams des ETH Wohnforum mit Kolleg:innen des MIT und der University of Tokyo im Rahmen der von der ETH unterstützten, mit diesen beiden Institutionen durchgeführten Forschungskooperation Alliance for Global Sustainability.
Das Wohnforum kooperierte über disziplinäre Grenzen hinweg, verband erfolgreich unterschiedliche theoretische Ansätze und etablierte eine wissenschaftlich interessante und empirisch-diagnostisch ergiebige Methodenvielfalt. Spezifisch kalibrierte Instrumente zur Grundlagen-, Entwicklungs- und Anwendungsforschung wurden entwickelt, um die Zusammenhänge zwischen historischen, kulturellen, sozialen und sozial-ökonomischen, räumlichen sowie technologischen Prozessen und deren Einwirken auf die gebaute Umwelt empirisch zu erfassen und diskursiv zu verstehen.
Dabei kooperierte das ETH Wohnforum stets mit öffentlichen, institutionellen, gemeinnützigen und privaten Akteurinnen und Akteuren aus dem Feld sowie mit nationalen und internationalen Hochschulen und Partnerinstitutionen. Ausmass und Vielfalt der Projekte waren nur durch die langjährige, erfolgreiche Akquisition von Drittmitteln seitens SNF, KTI (heute Innosuisse), Bundesämter und Stiftungen, sowie von weiteren Akteuren des Wohnungswesens möglich. Die Forschungsergebnisse und das am ETH Wohnforum generierte Wissen, fanden und finden in wissenschaftlichen Artikeln und Buchpublikationen, an Konferenzen, in der Lehre am D-ARCH, in Ausstellungen, Forschungsberichten und Gutachten sowie an der Jahrestagung „ETH Forum Wohnungsbau“ ein breites und heterogenes Fachpublikum aus Wissenschaft, Verwaltung und Praxis.
Im Jahr 2009 wurde die Bezeichnung ETH Wohnforum durch ETH Wohnforum – ETH CASE (Centre for Architecture, Society & the Built Environment) ersetzt, um die Ausrichtung der Forschungsgruppe auch im englischen Sprachraum verständlich zu machen.
Der Bereich Lehre wurde mit dem 1980 unter Alexander Henz etablierte Diplomwahlfach «Wohnen» von Prof. Dietmar Eberle und Dozentin Susanne Gysi bis 2005 weitergeführt. Das ab 1992 auf individueller Basis eingeführte Nachdiplomstudium «Wohnen» wurde mit dem Beginn der Professur Eberle im Sommer 2000 erstmals als MAS Kursangebot «Wohnen» angeboten und von einer Gruppe von vorwiegend internationalen Studierenden genutzt.